MIN 1 Sikka adalah Madrasah Negeri pertama di Kabupaten Sikka yang memiliki hostori yang cukup Panjang, sebelum menjadi MIN 1 Sikka yang sekarang pertama kali MIN 1 Sikka bertempat di Wuring dengan status masih Madrasa Swasta yang bernama MIS Tarbiyah Wuring yang berdiri pada sekitar tahun 1971 dengan kepala madrasah pertama yang bernama H. Abubakar Purnama. Pada tahun 1992 desember terjadi gempa dan tsunami yang mengakibatkan MIS Tarbiyah Wuring dipindahkan ke Nangahure Bukit pada tahun 1993 dan berubah dari MIS Tarbiyah Wuring menjadi MIS Wuring. Kemudian pada tahun 2002 terjadi pergantian kepala madrasah dari H. Abubakar Purnama kepada H. Muhammad Ilyas, B.A. (2002-2003) dan sekitar pertengan tahun 2003 terjadi pergantian kepala madrasah dari H. Muhammad Ilyas, B.A kepada H. Akbar Ibrahim, S.Pd.I dan di masa jabatan H. Akbar Ibrahim S.Pd.I MIS Wuring dijadikan Madrasah Negeri pertama di Kabupaten Sikka sehingga menjadi MIN Wuring dengan kepala madrasah dan menjabat sampai dengan 2014. Ditahun 2014 terjadi lagi pergantian kepala madrasah dari H. Akbar Ibrahim, S.Pd.I kepada H. Syahrul Muhamad Neng, S.Ag dan ditahun 2014 MIN Wuring mendapat Akreditasi B, dimasa jabaran beliau terjadi beberapa pergantian nama madrasah dari MIN Wuring menjadi MIN Sikka ditahun 2017 sampai dengan 2019 terjadi pergantian nama madrasah dikarenakan adanya penegrian madrash baru di pulau pemana sehingga nama mardrasah MIN Sikka berubah menjadi MIN 1 Sikka dan di pemana menjadi MIN 2 Sikka. Pada tahun 2022 bulan juli MIN 1 sikka diharuskan mengupdet akreditasi yang sudah kadaluarsa sehingga mengharuskan MIN 1 Sikka menjalani visitasi Akreditasi dan Alahamdulillah ditahun 2023 terbit SK Akreditasi baru dengan status Akreditasi A yang berlaku hingga tahun 2027.